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In ambito clinico sono stati individuati due ceppi del virus Epstein-Barr si tratta rispettivamente del ceppo EBV-1 e del ceppo EBV-2 noti anche come EBV di tipo A e B, ne consegue che i due ceppi esprimono geni diversi durante l’infezione latente mentre nel caso di infezioni di tipo acuto si evidenziano caratteristiche affini. Una volta penetrato nll’ospite l’EBV si insinua a livello cellulare dove può vivere allo stato latente o represso, per cui non si verifica la produzione nei linfociti infettati di particelle virali ciò non determina la morte cellulare. Le cellule infettate vengono ripartite in due gruppi: nel primo si classificano le cellule produttrici, in questo caso il genoma virale può attivarsi spontaneamente generando degli antigeni virali e delle particelle infettanti; il secondo gruppo include invece le cellule non produttrici, nelle quali il genoma virale non si attiva spontaneamente ma determina un processo abortivo con produzione di antigeni e non di particelle infettanti. Per quanto riguarda le particelle virali infettanti esse sono definite litiche se stimolano la generazione di particelle virali figlie con lisi e morte della cellula ospite, si parla invece di particelle virali trasformanti se si verifica la moltiplicazione illimitata dei linfociti infettanti.
Dal momento che le infezioni da EBV tendono a delineare un quadro di sintomi che interessa più sistemi organici, spesso si pone l’esigenza di ricorrere ad una diagnosi clinica differenziale con altre patologie che tendono a presentare delle manifestazioni comune; in genere il medico si trova a formulare una diagnosi differenziale tra mononucleosi infettiva ed altre condizioni patologiche, definite genericamente come sindrome simil-mononucleosica, che possono essere scatenate da altri agenti patogeni quali: Citomegalovirus, herpes simplex, rubeovirus, adenovirus, Toxoplasma gondii. In genere la diagnosi clinica di mononucleosi infettiva si basa su una precisa terna di sintomi rappresentata da: faringite, linfocitosi con linfociti atipici e presenza di anticorpi eterofili.
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